(1296 -1300) M

Pada tahun 1293 terjadi perubahan kekuasaan di Jawa Timur dimana Kerajaan Singhasari mengalami keruntuhan dan Raja Kertanegara tewas akibat pemberontakan Jayakatwang. Raden Wijaya yang merupakan menantu dari Raja Kertanegara berhasil menumpas pembrontakan tersebut dan mendirikan Kerajaan Majapahit. Karena Kerajaan Singhasari telah mengalami keruntuhan maka Majapahit sebagai pengganti kerajaan Singhasari mengambil alih seluruh daerah kekuasaan kerajaan Singhasari termasuk Pulau Bali.

Pada tahun 1296 M Sri Rajasa Jaya Wardana sebagai Raja Majapahit yang pertama, menunjuk Ki Kebo Parud sebagai wakil pemerintahannya di Pulau Bali dengan gelar Raja Patih. Dalam melaksanakan pemerintahannya Ki Kebo Parud mengangkat beberapa senapati dan pejabat tinggi lainnya untuk membantunya dalam pemerintahanya dan mengganti beberapa pejabat penting pada waktu pemerintahan Raja Adidewa Lancana dengan pejabat baru yang berasal dari Jawa Timur.

Pejabat penting yang diganti diantaranya :

Senapati Weresanten : Mpu Abdaraja ·

Senapati Balembunut Dyaksa : Mpu Tohujar diganti · Senapati Danda : Mpu Arusningrat ·

Senapati Dinganga : Mpu Suradikara ·

Senapati Kuturan: Mpu Angambara ·

Para pendeta Siwa diantaranya Dang Acarya Harimurti, Pendeta di Sthanaraja, Dang Acarya Haridewa, Pendeta di Amurnaraja, Dang Acarya Madyagra, pendeta di Katubrih, Dang Acarya Satyangsa, Pendeta di Makarum dan Dang Acarya Karnikangsa sebagai samegat juru – wadwa ·

Para Pendeta Budha diantaranya Dang Upadyaya Atmaja, pendeta di Nalanda dan Dang Upadyana Budhadnyana, pendeta Kutihanyar dan Tiramangsa sebagai Samegar Mangirengiren ·

Samegat Juru Tulis kehakiman diantaranya Tarayaruhun, Niraweruh dan Namapinda ·

Samegat Manyumbul : Nayalor

Samegat Pituhanya : Werdeng Pramohab

Samegat Caksukaranapuranya : Digaja

Samegat Karanapuranya : Sidhamukti

Sebagai gantinya Ki Kebo Parud kemudian menunjuk beberapa pejabat penting diantaranya : · 

Senapati Danda : Ki Gagak Semeningrat alias Ki Gagak Suluhingrat ·

Senapati Sarbhwa : Ki Dangdang sangka

Senapati Balembunut : Ku Kuda Makara

Ken Demung : Ki Gajah Pamugeran · Ken Rangga : Ki Dangdang Bangbungalan

Selain itu beliau juga mengakat beberapa Wadwa-haji yang ditempatkan di beberapa tempat di Bali diantaranya :

Wadwa-haji di Panji :Ki Sangkarinsing dan Ki Ranggahwalik

Wadwa-haji di Sarwa-patih Ki Jadang-mider, Ki Bimapaksa dan Ki Gajah Sereng

Wadwa-haji di Kurtija : Ki Banyak Endah dan Ki Panggah-parya ·

Wadwa-haji di Jingrana : Ki Kidang-semu · Wadwa-haji di Guleng dan Perang : Ki Binajaga

Beberapa kementrian atau kesenapatian yang belum ada pejabatnya dibentuk diantaranya Senapati Dinganga, Senapati Manyiringin dan Senapati Beladyaksa. Perutusan Pendeta Siwa dan Budha pun dibentuk disesuaikan dengan peraturan yang terdahulu, namun pejabatnya belum diresmikan diantaranya pendeta Siwa di Dharmahanyar, di Astanaraja, di Dewastana dan di Binor sedangkan perutusan pendeta Budhanya di Burwan, di Puwanegara, di Kutrihanyar dan di Ajinegara, juga dilantik Tri-samegat atau tiga pejabat yang sangat berkuasa di Istana.

Demikianlah pergantian pejabat tinggi kerajaan yang dilakukan oleh Ki Kebo Parud sebagai wakil pemerintahan Kerajaan Majapahit di Pulau Bali. Pemerintahan Raja Patih Kebo Parud di Bali hanya bersifat sementara saja. Beberapa tahun kemudian, oleh karena keadaan Bali sudah aman maka pada tahun 1324 Masehi, atas perintah Jayanegara sebagai Raja Majapahit yang kedua, pemerintahan Bali dikembalikan lagi kepada keturunan Wangsa Warma karena mengingat bahwa Pulau Bali sejak dari dulu diperintah oleh raja raja keturunan wangsa Warman. 

Kedudukan Kbo Parud sebagai rajapatih boleh jadi berlangsug sampai setelah Raja Kertanagara dari Kerajaan Singasari dikalahkan oleh Raja Jayakatwang dari Kadiri, bahkan mungkin sampai pada masa-masa awal kerajaan Majapahit.

Kedudukannya itu tampaknya baru berakhir setelah Bhatara Guru II (Bhatara Sri Mahaguru) dinobatkan sebagai raja di Bali pada tahun 1256 Saka (1324), atau beberapa tahun sebelum penobatan itu. Hal ini sekaligus menyatakan bahwa Bali selama itu berada di bawah pengawasan kerajaan yang tengah berkuasa di Jawa Timur. Pada jaman ini para Arya dan Bujangga serta para Mpu keturunan Sapta Resi tangan dari Jawa Timur ke Bali.

Keberadaan Kebo Parud sebagai penguasa di bali dibuktikan dengan sebuah prasasti yang dikeluarkan olek Kebo Parud yang berangka tahun caka 1218 Caka yang berisi persoalan tentang desa kedisan “ Mewang Ida Raja Patih meka kasir Kebo Parud “ Berdasarkan nama nama patih dan berdasarkan isi prasasti tersebut, ternyata patih itu adalah pegawai Negara yag berasal dari Jawa Timur, nama semacam itu sering dijumpai dalam kerajaan Singhasari.

Ada kemungkinan bahwa patih yang dimaksud bertugas sebagai gubernur atau semacamnya yang mewakili pemerintahan Singhasari di Bali. Selanjutnya terdapat prasasti lainnya yang menyebutkan nama “Ida Ken Kanuruhan” dan yang istimewa pula prasasti tersebut tidak memakai sapatha sebagaimana yang sering dijumpai dalam prasasti prasasti di Bali pada umumnya. Kebo Parud juga mengeluarkan prasasti yang berangka tahun Caka 1222 yang menguraikan tentang desa Sukawana yang terletak diperbatasan Min Balingkang. Dalam prasasri tersebut terdapat kata-kata “Mpukwing Dharma Anjar, Mpukwing istana radja, Mpukwing dewa istana” Gelar para menteri diubah menjadi Jro atau diduga Arya sebagai contoh Ida Raja Sang Arya = Ida Sang Arya Aji Kara.

Agama yang yang dianut oleh Kebo Parud adalah Wajrayana yaitu suatu aliran Tantrisme dari agama Budha. Di Singhasari pada saat tersebut sedang berkembang dan malahan menjadi pusat aliran Wajrayana. Aliran ini sangat condong kle dalam ilmu sihir atau ilmu gaib yang sebagai pemimpinnya adalah rajanya sendiri yaitu Raja Kertanegara.

Demikianlah di peseteran Singhasari ditemukan arca Kertanegara sebagai seorang biksu yang gundul, disamping itu juga terdapat arca Bhairawa, dimana Raja Kertanegra sering melakukan upacara upacara yang berakitan dengan aliran yang dianutnya. Pada jaman pemerintahan Kebo Parud di Bali terdapat arca Bhairawa didaerah Pejeng yang bentuknya mirip dengan arca Bhairawa yang terdapat di Singhasari. Demikianlah ada kemungkinan besar bahwa latihan latihan Wajrayana juga dilakukan oleh wakil pemerintahan Singhasari di Pulau Bali. Para pendeta Budha kemudian mendirikan sebuah biara (asrama) di Bedaulu didekat biara Ratna Kunjarapada yang diketahui sebagai sebuah asrama bagi para pendeta Ciwa.

Hal tersebut sesuai yang terdapat dalam buku Nagarakertagama yang ditulis oleh Empu Prapanca. “ Sang Budhadhyaksa muwing Bedaulu Bedaha luwing Gajah ran pramada wruh “ Artinya ada pendeta Budha besar yang berdiam di Bedaulu, di luwing Gajah yang tidak pernah pramada (angkara). Mungkin yang dimaksud dengan luwing Gajah adalah tempat disekitar air Gajah yang seperti diketahui daerah air Gajah adalah daerah disekitar sungai Patanu tempat didirikannya asrama asrama tersebut.

Dalam hal ini Goa Gajah termasuk dalam lingkungan Dharma Anta Kunjarapada. Para pendeta Ciwa tentu merasa tidak senang melihat perkembangan aliran Wajrayana di bali sehingga timbullah persaingan diantara mereka. Rakyat Bali pada umumnya memihak kepada pendeta Ciwa yang berarti mereka tetap memja Maharesi Agatya